Johann Joseph von Habsburg (Juan José de Austria) kam am 7. April 1629 in Madrid zur Welt. Seine Mutter war die Schauspielerin Maria Ines Calderón, deren ausschweifendes Leben die Zuordnung der Vaterschaft problematisch macht. Er wurde von König Philipp IV. von Spanien als sein unehelicher Sohn anerkannt.
Ramiro Núñez Felípez de Guzmán, Herzog von Medina de las Torres und Vizekönig von Neapel, hatte ebenfalls eine Beziehung zur Schauspielerin Maria Ines Calderón. Aus diesem Grund gab es lange das Gerücht, dass in Wirklichkeit Ramiro Núñez Felípez de Guzmán (c1600-1668) der leibliche Vater des Kindes sei. Ähnlichkeiten sah man in der Statur, Gesicht, Haare, Stimme, Ehrgeiz und Fantasie.
Anno 1647 wurde Johann Joseph von Habsburg zur militärischen Hilfe nach Neapel und 1651 nach Katalanien gesandt. In beiden Fällen hatte er die Rolle als "Verteidiger des Friedens". Seine sympathische Art, gepaart mit seinem vorteilhaften Aussehen (vor allem seine langen schwarzen Haare, im Kontrast zu den blonden und blassen Fürsten von Habsburg) machten ihn bei seinen Landsleuten beliebt.
Seine Genealogie befindet sich im Stammbaum-Netzwerk und im Familienbuch Adelsgeschlechter.
