Markus Fugger von der Lilie wurde am 14. Februar 1529 in Augsburg geboren. Er erreichte mehrere hohe Ämter - Kammerherr von Erzherzog Ernst von Österreich, Kammerpräsident, Mitglied des kurbayrischen Rates, Pfleger in Landshut und Stadtpfleger in Augsburg. Nach dem Tod seines Vaters 1560 führten er und seine Brüder Hans und Jakob gemeinsam die väterlichen Geschäfte. Als sie das Geschäft 1575 aufteilten, übernahm Markus die nördliche Abteilung. Er interessierte sich für Kirchengeschichte, wirkte als Mäzen für Künstler, sammelte Bücher und Antiquitäten und nahm Nikolaus Juvenel als Porträtmaler in Augsburg auf.
Seine Genealogie befindet sich im Stammbaum-Netzwerk und im Familienbuch Adelsgeschlechter.